残编（cán biān）的意思：指文字残缺或文章零乱，形容写作或编纂不完整或不规范。

长三（cháng sān）的意思：形容人的身材高大、威猛。

凋疏（diāo shū）的意思：指事物的繁荣兴盛逐渐衰落或人口稠密逐渐稀疏。

二酉（èr yǒu）的意思：指事情的结果或者发展情况不如人所愿，出现了差错或者意外的情况。

何如（hé rú）的意思：如何，怎样

良常（liáng cháng）的意思：指人品、品行好，言行正直，常常用来形容人德行高尚，为人正派。

南斗（nán dòu）的意思：南斗是指南天北斗星座的七颗星星，比喻人才出众、学问渊博。

三花（sān huā）的意思：指同一件事物或同一类事物的三个代表或三个典型。

宛委（wǎn wěi）的意思：形容某物或某人的姿态或形状优美曲折。

朱草（zhū cǎo）的意思：指红色的草木，比喻文人墨客的才华和文采。

三花树（sān huā shù）的意思：指一个人同时拥有美貌、才华和财富的人。

这首诗描绘了一幅隐逸与学问相结合的场景，充满了浓厚的文人气息和对自然的向往。诗人以“云深南斗墟，朱草半凋疏”开篇，通过“云深”、“南斗墟”、“朱草半凋疏”的景象，营造出一种幽静而略带荒凉的氛围，暗示了石室山的地理位置和环境特点。

接着，“洞长三花树，山藏二酉书”两句，进一步描绘了石室山的自然景观与人文底蕴。洞穴深处生长着三花树，山上隐藏着丰富的书籍，既展现了山林的生机勃勃，又暗喻了知识的宝藏和学问的深厚。

“良常曾不远，宛委更何如”则表达了诗人对于古代贤者的怀念以及对未知世界的探索欲。这里的“良常”可能指的是古代的圣贤或智者，而“宛委”则可能是指传说中的宝藏之地，这里通过对比，表达了对过去智慧的追忆和对未来未知的期待。

最后，“纵检残编在，惟堪老荷锄”两句，流露出诗人对学问与生活的态度。即使在古老的文献中还能找到一些线索，但对于他来说，更愿意过着与自然和谐共处的生活，或许是在田间劳作，享受田园之乐。这种态度体现了诗人对生活质朴追求与对自然的热爱。

整体而言，这首诗通过细腻的描绘和深邃的思考，展现了诗人对自然美景的欣赏、对学问的渴望以及对理想生活的向往，是一首富有哲理意味的佳作。