孤芳（gū fāng）的意思：指一个人在某个领域或环境中独自杰出、独树一帜。

领会（lǐng huì）的意思：理解、理会、明白

深丛（shēn cóng）的意思：形容事物密集、繁多。

图牒（tú dié）的意思：指用图画或文字记录事物的形象。

物理（wù lǐ）的意思：物理是自然科学的一个分支，研究物质、能量以及它们之间的相互作用。

应接（yìng jiē）的意思：应付接待，应对接纳。

纭纷（yún fēn）的意思：指事物繁杂、复杂纷乱，形容情况错综复杂，难以梳理。

斋阁（zhāi gé）的意思：斋:指清净、宗教的地方；阁:指楼阁。斋阁原指道教、佛教修行者的房屋，后用来比喻修行者的居所或人们专心修行的地方。

真境（zhēn jìng）的意思：真实的境界；真正的状态；真相所在。

枕簟（zhěn diàn）的意思：枕头和席子，指睡觉时的床上用品。也用来形容舒适的睡眠环境。

这首诗描绘了一种超然物外、与自然和谐共生的境界。开篇“治庭区纭纷，斋阁简应接”两句，意在表达修身养性所需的清净环境，是通过整理庭院、打扫斋阁来实现的，这里的“简应接”暗示了一种自然而然、无需多言的境界。

接着，“身闲憙枕簟，虑静厌图牒”两句，则表达了诗人在这样的环境中达到身心清净，无牵挂之虑，甚至连书籍也视若珍宝，只愿沉浸其中，不愿被打扰。

“孤芳媚深丛，幽哢出密叶”描绘了一种隐逸的生活情境，诗人欣赏着花草树木的独特美感，这里的“孤芳”指的是那些不为世人所知、生长在深邃丛林中的鲜花，而“幽哢出密叶”则是对这些花朵从茂密的枝叶中悄然绽放的情景进行的描写。

最后，“物理兹领会，真境知可蹑”两句，是诗人对于自然界和心灵世界的深刻领悟。在这里，“物理”指的是宇宙万物之理，而“真境”则是指那种超越世俗、达到精神自由的状态。整首诗通过对自然环境的描绘，表达了诗人对内在修养与外界和谐的追求，以及对于生命真谛的深刻体悟。