澄襟（chéng jīn）的意思：指人的衣襟整洁干净，形容人品行端正，心地清白无私。

川色（chuān sè）的意思：指江河的颜色或河水的色彩。也用来形容具有江河特色的景色或地方。

方丘（fāng qiū）的意思：指人们对于官僚主义、官僚体制的批评和讽刺。

瑞霭（ruì ǎi）的意思：形容美好的景象或光线。

神旗（shén qí）的意思：指指挥作战的旗帜，比喻领导者的威信和威力。

曙光（shǔ guāng）的意思：指黎明时分的第一缕阳光，也比喻事物发生变化的前兆。

虚中（xū zhōng）的意思：心中存有虚妄的想法，不踏实，不稳定。

依依（yī yī）的意思：形容依恋不舍，情意绵绵。

玉堂（yù táng）的意思：指高贵、尊贵的地方或场所。

秩秩（zhì zhì）的意思：秩序井然，有条不紊。

钟阜（zhōng fù）的意思：指人的声音洪亮激昂，有力量和感染力。

中君（zhōng jūn）的意思：指一个人在某个领域或某个方面的能力超群，出类拔萃。

这首诗描绘了诗人独坐竹亭，享受宁静长日的情景。诗中运用了丰富的自然意象和象征手法，展现了诗人对自然美景的热爱与感悟。

首句“澄襟坐长昼，爱此虚中君”表达了诗人内心的平静与对周围环境的喜爱。这里的“虚中君”可能指的是诗人内心深处的自我，或者是某种超然的精神寄托，通过“坐长昼”这一动作，诗人将自己与自然融为一体，体验到一种超越日常生活的宁静与和谐。

接着，“秩秩玉堂友，依依钟阜云”两句，诗人以“玉堂友”比喻周围的景物，如山石、树木等，形象地描绘了这些景物在阳光下显得格外清雅、高贵。而“钟阜云”则可能是远处山峰上的云雾，给人一种悠远、神秘的感觉。“秩秩”二字，既形容了景物排列有序之美，也暗示了诗人内心的秩序感和对美好事物的追求。

“景融川色媚，野霁曙光分”进一步描绘了自然景色的美丽与和谐。阳光照耀下的山水，色彩斑斓，充满生机。这里“融”字用得恰到好处，不仅表现了光线与水色的交融，也体现了诗人情感与自然景色的融合。

最后，“遥意方丘祀，神旗瑞霭纷”两句，诗人将思绪转向远方的祭祀活动，想象着神灵的旗帜在祥云中飘扬，充满了神圣与庄严的气息。这不仅是对传统祭祀文化的赞美，也是诗人内心对崇高精神追求的体现。

整体而言，这首诗通过对自然景观的细腻描绘，展现了诗人对宁静、和谐生活的向往，以及对精神世界深层次探索的追求。语言流畅，意境深远，富有哲理，是明代文人诗作中的佳品。