蕙兰（huì lán）的意思：形容人品高尚、德行美好，如同蕙兰芳香。

兰香（lán xiāng）的意思：形容花香非常浓郁，也可比喻文章或音乐优美动人。

流水（liú shuǐ）的意思：形容水流不断、源源不绝的样子，也用来比喻事物连续不断、不停地发生。

山门（shān mén）的意思：指山脉中的门户，也比喻进入某个地方或机构的入口。

神来（shén lái）的意思：突然出现或突然发生，形容事情出乎意料或超乎想象。

石屏（shí píng）的意思：指石头做成的屏风，比喻不能遮风挡雨，没有实际用途的东西。

祠堂（cí táng）的意思：祠堂是指供奉祖先或先贤的庙宇。

天汉（tiān hàn）的意思：指天空中的星星。

夕阳（xī yáng）的意思：夕阳是指太阳在西方下山的时候的景象，也用来比喻人的晚年或事物的衰落阶段。

云雨（yún yǔ）的意思：云雨是一个形容两个人之间发生性关系的成语。在古代，云雨常常被用来暗指两个人之间的性行为。

这首诗描绘了一处幽静的自然景象与神圣的氛围。"石屏苔色凉，流水绕祠堂"一句，通过对苔色和流水的描述，为读者勾勒出一片清新的环境，同时也为祠堂这种人文建筑增添了一种自然与神秘并存的情调。

接下来的"巢鹊疑天汉，潭花似镜妆"，则是对景象的进一步描绘。鹊鸟在树上做巢，不知天上的星河如何，这里的“天汉”指的是银河，也许隐喻着远离尘世的宁静与纯净。而“潭花似镜妆”的比喻，则让人联想到水中的花朵如同精心打理的妆容，既展示了自然之美，又增添了一份人工雕琢的意味。

"神来云雨合，神去蕙兰香"一句，更是直接点出了祠堂中神圣气息的存在。神灵降临时伴随着云雨，而离去时留下的是淡雅的蕙兰之香。这不仅描绘出祠堂神圣不可侵犯的氛围，也让人感受到一种超自然的力量在此处流转。

最后两句"不复闻双佩，山门空夕阳"则透露出一丝孤寂与怀旧的情怀。诗人不再听到那曾经响起的玉佩声，而现在只剩下山门前的空寂和晚霞的余晖。这既是对过去美好记忆的留恋，也是对现实孤独状态的无奈表达。

总体来说，这首诗通过对自然景象与祠堂氛围的描绘，展现了一个超凡脱俗、又不失人间哀愁的意境。